Um aus JPA heraus eine Prozedur direkt aufzurufen, muss eine NativeQuery erstellt werden. Wichtig ist dabei, dass der Aufruf von geschweifte Klammern eingeschlossen wird.
Hier ein Beispiel, wie eine Prozedur mit dem Namen "fooProc", welche einen Parameter erwartet, aufgerufen wird.
Query query = getEntityManager().createNativeQuery("{call fooProc(?p1)}");
query.setParameter("p1","test");
query.getResultList();